大掌门2中主角作为一派掌门，掌握着多种强力的武功技能，这些技能不仅能在战斗中发挥关键作用，还能通过不同方式提升威力。主角的武功主要分为独门武功和掌门绝学两大类，每类都有独特的效果和升级路径。独门武功在完成特定任务后解锁，分为三重境界，每重境界都能带来不同的能力提升。而掌门绝学则需要怒气值满格才能释放，威力巨大，包含合字诀、破字诀、修字诀、兵字诀四种，每种字诀的等级提升都能显著增强绝学的效果。这些技能与主角的独门武功并存，战斗中可同时使用，并非替代关系。
主角的独门武功可以通过参悟和突破来提升基础威力，参悟等级上限为20级，突破等级上限为10星。练功能提升武功熟练度，增加威力和永久属性加成。每次使用武功都会增加对应类型的熟练度经验，比如外功、内功、轻功等，熟练度不仅能提升该类型武功的威力，还能减少受到同类武功的伤害。独门武功的养成资源主要通过关卡掉落，比如攻击宝石、防御宝石、血气宝石等，合理分配资源对提升武功效果非常重要。
掌门绝学是主角的专属技能，开启等级为18级，释放需要怒气值满格且主角存活。绝学分为四种字诀，每种字诀的效果各不相同，比如合字诀能攻击敌方掌门与随机一人，同时给自己加BUFF，提升生存能力。破字诀则能造成高额伤害并附加特殊效果。绝学可以通过提升字诀等级来增强威力，还能学习多种绝学，但每次战斗只能配备一种。绝学的释放时机非常关键，比如在敌方爆发前使用减伤效果，或在我方集火时开启增伤，这些细节往往能决定战斗的胜负。
主角的武功技能搭配需要根据战斗场景灵活调整。比如在面对高输出敌人时，可以选择防御型绝学增强生存能力；而在需要快速解决战斗时，攻击型绝学更为合适。独门武功和掌门绝学的组合能发挥出意想不到的效果，比如先使用独门武功削弱敌人，再通过绝学给予致命一击。武功的养成是一个长期过程，需要不断积累资源和提升熟练度，才能让主角在江湖中立于不败之地。
