开启二周目冒险的话，首先得确保你已经收集了60种以上的宝可梦，这样大木博士才会帮你升级全国图鉴。升级完图鉴后，你会发现四天王暂时无法挑战，因为冰系天王科拿出去旅游了。这时候你需要前往枯叶市乘船到一之岛，在岛上的网络中心会遇到一个NPC，他会告诉你修机器需要红宝石，这就是二周目的起点啦。
从一之岛右边冲浪过去，路上会遇到一个洞穴，里面有温泉可以回复宝可梦状态，还能拿到HM06碎岩。继续往上走到灯火山山顶，推开石头就能遇见火焰鸟，记得抓它哦！下山后往右走，会看到两个火箭队成员守着一个洞穴，打败他们后进去最深处就能拿到红宝石。把红宝石交给网络中心的NPC，他会让你再找蓝宝石，并给你七岛的船票，这样就能自由穿梭各个岛屿了。
拿到船票后，先去四之岛，这里会遇到小茂但不会战斗。冲浪进入科拿家右边的冰洞，里面需要踩碎冰块才能拿到HM07攀瀑，用它爬上瀑布后会发现科拿正被火箭队围攻，帮她打败火箭队后得知他们的下一个目标是五之岛。到了五之岛，向右走到空地会发现火箭队仓库，但没有密码进不去。这时候咱们得去六之岛，从右边海滩冲浪进入水路，在标记森林抓完虫系宝可梦后继续前进，找到洞穴并用居合斩开门，按顺序掉进洞里就能找到蓝宝石，不过刚拿到就被NPC抢走了。
最后回到五之岛的火箭队仓库，用密码进去后击败右上角的NPC拿回蓝宝石，再回一之岛交给网络中心的NPC，这样通信设备就修好了。这时候可以乘船去七之岛，岛上有训练师塔可以挑战高难度对战。如果还没抓齐三神鸟，记得去无人发电厂抓闪电鸟，双子岛抓急冻鸟，华蓝洞窟抓超梦。搞定这些后，二周目的主要任务就完成啦，剩下的就是自由探索和收集啦！
